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Lettre d'information n° 20

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MedInria 2.0

Le logiciel d'imagerie médicale Inria vient de connaître une refonte complète. Visite guidée avec Olivier Commowick, chercheur en charge de son développement.

Le logiciel d'imagerie médicale Inria vient de connaître une refonte complète. Visite guidée avec Olivier Commowick, chercheur en charge de son développement.

Téléchargeable en version beta depuis la fin janvier, MedInria 2.0 aura nécessité deux ans de travaux aux  ingénieurs attelés à la réécriture du code. “Pour l'essentiel, les fonctionnalités demeurent les mêmes. Mais nous voulions revoir l'architecture de fond en comble, résume Olivier Commowick. Nous avons aussi repensé intégralement l'interface. Les utilisateurs percevront donc tout de suite la différence.” 

Le logiciel incorpore les résultats de recherche de quatre équipes Inria investies sur l'imagerie médicale. À savoir : Visages à Rennes, Asclepios et Athena à Sophia-Antipolis et Parietal à Saclay. “Chacune a élaboré une partie. Mais nous nous sommes coordonnés pour harmoniser le développement et mutualiser au mieux nos efforts. Inutile de refaire plusieurs fois la même chose chacun de son côté.” Les travaux de ces équipes concernent principalement le cerveau et le cœur. Ces domaines de spécialité se reflètent donc également dans le logiciel.

Tractographie, recalage...

MedInria s'adresse d'abord aux cliniciens ayant une activité de recherche. Ils y trouveront des outils pour effectuer des tâches comme le recalage d'images. Cela permet par exemple de superposer deux IRM d'un patient à différentes périodes pour comparer ces images et observer l'évolution d'une éventuelle tumeur.”  Autre usage typique : la tractographie. L'IRM de diffusion permet de visualiser la structure de la matière blanche du cerveau. Ce qui permet indirectement de déterminer comment les fibres nerveuses s'organisent. Dans l'étude du cœur, une des fonctions les plus avancées permet la superposition, sur le rendu volumique 3D+temps, d'un modèle numérique pour la simulation et la prédiction de la fonction cardiaque.

Les équipes Inria conçoivent des algorithmes de traitement d'images qui peuvent être plus performants que ceux installés sur les machines par les constructeurs. Certains chercheurs sont parvenus à améliorer le débruitage ou la tractographie par exemple. Pour l'utilisateur, dans le cadre d'une étude clinique ou avant une intervention, cette finesse d'analyse peut s'avérer importante. On peut imaginer ainsi qu'un clinicien souhaite un logiciel plus poussé lui proposant une visualisation plus précise de l'organe.

MedInria 2.0 repose sur une architecture en plugins. “Le cœur de l'application fournit l'interface utilisateur. Pas les fonctionnalités. Celles-ci sont apportées par des plugins. Nous y mettons tous ceux déjà élaborés par nos équipes. Mais le logiciel a vocation à en recevoir d'autres. Nous espérons d'ailleurs que certains de ces modules seront développés par des contributeurs extérieurs. À terme, le but est que chaque utilisateur puisse composer son application en chargeant simplement les plugins dont il a besoin.

Une autre forme de déclinaison doit voir le jour dans le cadre d'une action de transfert des équipes Asclepios et Parietal. “Développée par une startup, MediSeen sera une version plus spécifiquement étudiée pour les cliniciens. Les fonctionnalités se concentreront sur des algorithmes issus de la recherche Inria, robustes et éprouvés, et l'interface sera complètement différente.”

MedInria viendra aussi en appui du projet OFSEP. L'Observatoire Français de la Sclérose en Plaques fait partie des 10 projets nationaux ANR Cohortes retenus au titre des Investissements d'Avenir. Avec un budget de 10 millions d'euros sur 10 ans, l'opération consistera à surveiller 30 000 patients. “Ce qui demandera une certaine automatisation du traitement d'images.