Skip to content. | Skip to navigation

Emergences

Lettre d'information n° 23

Image emergences pour impression
Personal tools
You are here: Home 2012 Lettre d'information n° 23 Les "Cartes d'Identité des Tumeurs" sur GenOuest
Document Actions

Les "Cartes d'Identité des Tumeurs" sur GenOuest

Gérée à Rennes par Inria et l’IRISA, la plate-forme bio-informatique GenOuest accueille désormais la banque de données des tumeurs assemblée par la Ligue Nationale contre le Cancer. Responsable technique de la plate-forme, Olivier Collin évoque les contours de cette collaboration et les défis nés du séquençage.

Gérée à Rennes par Inria et l’IRISA, la plate-forme bio-informatique GenOuest accueille désormais la banque de données des tumeurs assemblée par la Ligue Nationale contre le Cancer. Responsable technique de la plate-forme, Olivier Collin évoque les contours de cette collaboration et les défis nés du séquençage.

150 logiciels. 80 banques de données publiques. La plate-forme GenOuest, avec les autres plates-formes du réseau ReNaBi, constitue l'un des principaux supports à la recherche en biologie. Depuis un an, ses serveurs hébergent également les données du Programme « Cartes d'identité des tumeurs (CIT)® ».

Conçue et financée par la Ligue Nationale contre le Cancer, cette banque de données contribue à caractériser de multiples types de tumeurs via l’analyse couplée  de l’expression des gènes et des variations génétiques. Avec 11 000 échantillons tumoraux répertoriés et 14 000 expériences de biopuces, elle représente l'une des grandes bases du genre en Europe. Fruit de 10 ans de travail, elle agrège les contributions d'environ 60 équipes de recherche en médecine et biologie. L'outil peut permettre de préciser un diagnostic, prédire l'évolution de la maladie, anticiper la réponse à un traitement ou améliorer le suivi d'un patient.

Plate-forme certifiée

C'est une activité éminemment statistique, explique Olivier Collin, responsable de GenOuest. Nous fournissons à la Ligue la puissance de calcul nécessaire pour traiter les données et l'infrastructure pour les stocker. À la fois orientée recherche et services, notre plate-forme possède la certification Iso 9001:2008 qui garantit le respect d'une approche qualité. C'est l'une des raisons pour lesquelles nous avons été choisis dans le cadre de cette externalisation.

Pour sa banque CIT, la Ligue a développé une interface spécifique, mais un utilisateur peut aussi activer les outils disponibles sur la plate-forme, et les titulaires d'un compte travaillent sur les données en toute autonomie. Les informations sur les patients sont anonymisées et protégées par un accès sécurisé.

En contre-partie de cet hébergement, la Ligue finance partiellement un poste d'ingénieur au sein de GenOuest. L'équipe de la plate-forme s'est notablement étoffée dans les dernières années. Ce renforcement reflète l'essor du domaine. “Ce n'est plus une évolution, constate Olivier Collin. Mais bien une rupture! Brutalement, la biologie se met à produire des données à vitesse époustouflante. En 2003, se terminait le séquençage du génome humain . Il avait coûté 3 milliards de dollars et mobilisé 20 centres de recherche pendant presque une quinzaine d’années. Aujourd'hui, les machines l'effectuent en routine en seulement quelques semaines et pour à peine 4 000 dollars. Mais cette explosion des capacités de séquençage ne se situe plus sur une courbe comparable à l'augmentation de la puissance informatique. On assiste à un vrai décrochage.

Faudra-t-il alors plus de serveurs pour absorber ce déluge d'informations ? “Ce n'est ni une réponse suffisante ni une solution pérenne. Trop cher. Trop énergivore. Il faut d'ores et déjà s'emparer du problème et le gérer d'une façon plus intelligente. C'est là qu'un institut comme Inria prend tout son sens. Il y a ici des scientifiques qui peuvent nous aider à réfléchir aux meilleures façons de calculer, stocker ou transférer les données.

Sur ces questions, GenOuest travaille pour les équipes GenScale et Dyliss,  deux équipes de bio-informatique situées dans le même centre de recherche (1). “Nous avons un fort ancrage dans cette communauté. Parfois nous servons d'ailleurs de passerelle entre les différents acteurs. Mais ce qui émerge en ce moment, c'est l'intérêt que la biologie suscite en dehors du domaine. Avec ses jeux de données phénoménaux, elle amène des problèmes dimensionnants qui sont autant de défis que la communauté de la recherche en informatique doit aider à relever. Cela n'a rien d'artificiel. C'en est d'autant plus stimulant.

Notes :

(1) GenScale et Dyliss succèdent à l'ancienne équipe Symbiose.