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Emergences

Lettre d'information n° 30

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Une plate-forme de neuro-imagerie pour la sclérose en plaque

Développée par l'équipe de neuro-informatique Visages au Centre Inria de Rennes, Shanoir est une plate-forme open source destinée à une meilleure exploitation des images médicales. Ce serveur héberge désormais les données produites par les hôpitaux associés à l'Observatoire Français de la Sclérose En Plaques (OFSEP) dans le cadre d'un projet de cohorte financé par le programme gouvernemental Investissements d'Avenir.

Développée par l'équipe de neuro-informatique Visages au centre Inria de Rennes, Shanoir est une plate-forme open source destinée à une meilleure exploitation des images médicales. Ce serveur héberge désormais les données produites par les hôpitaux associés à l'Observatoire Français de la Sclérose En Plaques (OFSEP) dans le cadre d'un projet de cohorte financé par le programme gouvernemental Investissements d'Avenir.

La sclérose en plaques (SEP) affecte environ 70 000 personnes en France au rythme de 2 000 nouveaux cas chaque année. Elle engendre des troubles variés, parfois sévères. La maladie se caractérise par un amenuisement de la gaine de myéline qui enrobe les circuits nerveux, en particulier dans le cerveau. La neuro-imagerie contribue au diagnostic, au suivi des patients et aux études de recherche dans le domaine.

Dans le cadre des Investissements d'Avenir et de l'appel à projets Cohortes 2010, le gouvernement a choisi de soutenir l'initiative de l'OFSEP pour la création d'une base de données de la maladie couvrant tout le pays (1) et alliant des données cliniques, biologiques et d'imagerie. L'Agence Nationale de la Recherche y consacrera 10 millions d'euros sur 10 ans. Actuellement, la cohorte SEP se compose de 36 000 personnes, suivies par les hôpitaux français. C'est Shanoir qui a été choisi pour centraliser les données d'imagerie.

Cette plate-forme de neuro-imagerie a été développée par Visages, une équipe de recherche en neuro-informatique au centre Inria de Rennes (2). Elle s'appuie sur l'ontologie OntoNeuroLOG, une représentation de l’ensemble des connaissances dans le domaine de la neuro-imagerie. Cette base de vocabulaire va ainsi permettre d'harmoniser les ressources en neuro-imagerie hétérogènes et distribuées, mutualisées.

Des études multicentriques


Ingénieur de recherche, Justine Guillaumont assure la mise en place de cet outil au sein du réseau hospitalier dans le cadre du projet OFSEP. “Dans toute étude médicale, l'aspect statistique représente un écueil important. Il faut pouvoir réunir un assez grand nombre de patients présentant les critères requis pour conforter la valeur des résultats. En pratique, un CHU par exemple ne dispose pas forcément de suffisamment de cas pour mener une étude conséquente. C'est pour cette raison que sont apparues les études multicentriques dans lesquelles plusieurs centres vont travailler ensemble et apporter chacun un certain nombre de patients. Jusqu'à présent, pour constituer une base d'images en vue d'une telle étude, il fallait collecter, dupliquer puis transporter des quantités de CD-Rom sur lesquels chaque centre entreposait ses fichiers. C'était fastidieux et coûteux. Via un serveur web, Shanoir va faciliter la mutualisation de toutes ces données et aussi leur uniformisation afin qu'elles deviennent plus facilement utilisables. On va pouvoir mieux les gérer, les archiver, les indexer, les partager.

Dans les études multicentriques, une des complications rencontrées résulte de l'hétérogénéité du matériel IRM installé dans les hôpitaux. Différentes marques. Différentes générations. Différentes qualités de définition. Et aussi parfois différentes habitudes de nommage d'un établissement à l'autre. C'est pourquoi dans Shanoir, pour une étude donnée, on attribut à chaque centre un profil (study card) correspondant à l'implémentation du protocole sur sa machine.

Données ‘désidentifiées’


Ensuite, en effectuant une seule requête, le neurologue, le radiologue ou le chercheur, accède instantanément aux données mutualisées par les différents centres.” À noter que toutes ces images sont ‘désidentifiées’ pour garantir l'anonymat des patients. De la même façon, des dispositifs protègent la confidentialité des recherches médicales menées par exemple avec des partenaires pharmaceutiques.

Comme l'explique Christian Barillot, responsable de l'équipe Visages, “les utilisateurs accèdent aux données via l'interface web, mais ils peuvent aussi choisir de travailler plutôt via leur logiciel de prédilection pour la visualisation ou le traitement de ces données. Il s'agira par exemple d'Edmus, une application spécifique pour le suivi clinique de la sclérose en plaques (visualisation), ou bien encore de MedInria,” la boîte à outils d'Inria pour l'imagerie médicale (traitement).

Pour l'instant 14 hôpitaux français ont rejoint la plate-forme. Plusieurs dizaines d'autres s'apprêtent à en faire de même. “Les premiers retours sont très bons, indique Justine Guillaumont. Nous voulons continuer à recueillir l'avis des utilisateurs, y compris d'ailleurs celui des manipulateurs d'IRM qui jouent un rôle important dans la chaîne de production.

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Notes :

(1) Le projet regroupe une quarantaine de centres experts de la sclérose en plaques. Il est porté par un consortium associant la Fondation Eugène Edmus, l'Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1) et les Hospices Civils de Lyon (HCL). Il a été impulsé par le neurologue Christian Confavreux décédé le vendredi 20 septembre 2013.

(2) Visages (Unité Inserm U746) est une équipe de recherche Inria/Université Rennes 1/Inserm/CNRS commune à l'Irisa (UMR6074). Elle est localisée au centre Inria de Rennes et au CHU de Pontchaillou.