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Emergences

Lettre d'information n° 28

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Des technologies pour l'environnement et l'agriculture

Les recherches en informatique n'engendrent pas des avancées que dans les télécommunications et l'industrie. Elles apportent aussi leur lot d'innovations dans le domaine du vivant. Au centre de recherche rennais d'Inria, plusieurs équipes scientifiques développent des prototypes logiciels qui pourraient un jour trouver leur chemin dans l'agriculture, l'élevage, la gestion des bassins versants, ou encore la préservation de la ressource halieutique. En voici quelques-uns...

Les recherches en informatique n'engendrent pas des avancées que dans les télécommunications et l'industrie. Elles apportent aussi leur lot d'innovations dans le domaine du vivant. Au centre de recherche rennais d'Inria, plusieurs équipes scientifiques développent des prototypes logiciels qui pourraient un jour trouver leur chemin dans l'agriculture, l'élevage, la gestion des bassins versants, ou encore la préservation de la ressource halieutique. En voici quelques-uns...

Odisseptale

Un logiciel de surveillance de l'état sanitaire de vaches laitières ou de taurillons en atelier d'engraissement. Plusieurs fois par jour, des capteurs "embarqués" par les animaux transmettent  les valeurs enregistrant la température, l'activité globale ou encore la rumination. Des changements notables observés peuvent correspondre à des pathologies que les éleveurs souhaitent détecter au plus tôt.
Équipe : Dream.     

GPU-QTLMap

Un logiciel pour aider à la sélection animale. Il détecte les régions chromosomiques susceptibles d'être en lien avec un ou plusieurs traits spécifiques d'intérêt. Il cherche des locus de caractères quantitatifs à partir de modèles expérimentaux en provenance de populations consanguines. Il peut analyser très rapidement un très grand nombre de marqueurs de type SNP. 
Équipe : Genscale.   

 

Payotte-GeoSpan

Un outil pour la caractérisation des organisations spatiales des parcelles agricoles. À l'aide d'une représentation parcellaire sous la forme d'un graphe, le logiciel extrait des sous-graphes fréquents caractérisant les structures spatiales récurrentes. Cette information est nécessaire à la compréhension des phénomènes biophysiques se déroulant en milieu agricole. Les structures extraites sont réutilisées pour simuler de nouveaux parcellaires agricoles.
Équipe : Dream.

Compareads

Un outil pour l'analyse de données métagénomiques (séquençage haut débit d'ADN). Le logiciel mesure la biodiversité d'un milieu en comparant des séquences à des banques ADN de référence. Il identifie et quantifie les organismes (bactéries, virus...).
Équipe : Genscale.    

ISING-C

Des outils mathématiques qui visent à analyser des images de fluorescences pour lesquelles on observe un homogénéité spatiale dans l'expression d'une molécule d'intérêt. Pour comparer deux collections d'images obtenues après modification d'un gène, la démarche consiste à représenter les images binaires par quelques paramètres. L'approche a été validée dans un contexte de biologie végétale afin de mesurer l'impact de la cryptogéine sur des feuilles de tabac, au niveau de la membrane des cellules.
Équipe : Serpico.

Ecomata

Un logiciel d'aide à la décision pour améliorer la gestion et la sauvegarde des écosystèmes. Ecomata permet la modélisation qualitative d'un écosystème et son interrogation à l'aide de requêtes explicites qui produisent des résultats sur de longues périodes de temps. Il prédit les futurs états du système en réponse à un scénario de perturbation.
Équipe : Dream.      

Sacadeau

Un outil d'aide à la décision pour les gestionnaires de bassins versants. Il permet d'anticiper les conséquences d'une situation climatique et de pratiques agricoles (cultures, emploi de pesticides...) sur la qualité de l'eau. Le logiciel s'appuie sur un modèle décrivant les pratiques agricoles courantes.
Équipe : Dream.
 

Contact :
Marie-Christine Lancien