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Emergences

Lettre d'information n° 28

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Un I-Lab en bio-informatique

PME bretonne spécialisée dans les outils de comparaison de séquences génomiques, Korilog lance un laboratoire commun avec le centre de recherche Inria de Rennes. Cette collaboration se conclura par un transfert de technologie permettant à l'entreprise de s'affirmer sur son créneau dans le peloton de tête international.

PME bretonne spécialisée dans les outils de comparaison de séquences génomiques, Korilog lance un laboratoire commun avec le centre de recherche Inria de Rennes. Cette collaboration se conclura par un transfert de technologie permettant à l'entreprise de s'affirmer sur son créneau dans le peloton de tête international.

Le Google de la bio-informatique s'appelle Blast. Maintenue par le NCBI américain, cette  gigantesque base de séquences d'ADN et de protéines se consulte en ligne ou s'utilise en local. Mais sa manipulation n'est pas des plus simples. Pour comparer les séquences les unes aux autres, un biologiste doit mobiliser une grande puissance de calcul et gérer ce travail au moyen de lignes de commandes.

C'est à cet endroit que débute l'histoire de Korilog, une entreprise fondée par Patrick Durand, à Questembert, dans le Morbihan.  “Nous avons créé Klast. Cet outil permet d'accélérer de manière importante les comparaisons de séquences génétiques. Pour un niveau de qualité équivalent à celui de Blast, nous parvenons à une accélération de facteur 24.” De quoi enthousiasmer plus d'un utilisateur. Parmi les clients : le centre Ifremer de Brest, la station biologique de Roscoff, le centre océanographique Woods Hole de Boston ou encore l'agence de santé publique du Canada. “Klast est le fruit d'une collaboration de deux ans avec Inria.”  Le logiciel implémente Plast, un algorithme né au centre de recherche de Rennes.

Changement d'échelle

La comparaison de séquences constitue l'opération la plus courante en bio-informatique, explique Dominique Lavenier, responsable de l'équipe de recherche GenScale (1). Mais actuellement, ce secteur se heurte à un brusque changement d'échelle. Là où, jusqu'à présent on comparait des jeux de séquences relativement petits, on bascule désormais vers de très grandes tailles. Or, notre technologie absorbe bien ce passage d'échelle. Pour deux raisons. D'abord parce que nous parallélisons les calculs. Ensuite parce que nous avons aussi cherché une autre manière d'appréhender le problème d'un point de vue algorithmique. Nous avons adapté l'algorithme aux machines qui vont se développer dans les années futures, c'est à dire des serveurs avec des puces possédant entre quatre et douze cœurs.

Dans le prolongement d'une première collaboration, Korilog et Inria viennent d'entamer une nouvelle étape. Ils créent un I-Lab. Ce laboratoire commun est un dispositif Inria visant à favoriser le transfert des technologies vers les PME. “Nous signons un accord pour trois ans, renouvelable, détaille Patrick Durand. Notre feuille de route comprend deux volets. Premièrement : rendre l'algorithme encore plus performant pour tirer partie des infrastructures de type clusters (2). Dans un deuxième temps : mettre au point des méthodes d'identification des mutations. Lorsque l'on séquence le génome d'un individu, on cherche quelles sont chez lui les mutations par rapport à un génome de référence. Nous souhaitons développer des méthodes capables d'effectuer ce travail directement à partir des données issues du séquenceur. Nous nous appuierons pour cela sur les travaux d'Inria.

R&D puis transfert

Voilà pour la phase R&D. “Mais l'I-Lab comprend aussi la phase suivante : celle du transfert. Nous intégrerons les résultats dans notre suite logicielle. Tout cela est parfaitement balisé. Notre accord prévoit par exemple la manière de réaliser les développements logiciels. Au-delà du prototype de recherche comme on peut le connaître, l'idée, c'est d'aboutir directement à un logiciel d'une qualité quasiment industrielle. Lorsqu'il sortira d'Inria, il pourra être utilisé pratiquement en tant que tel pour la valorisation. Au final, cela représente un gain de temps important.” Au total 9 personnes interviendront sur le projet.

En tant que chercheurs, nous éprouvons, évidemment beaucoup de satisfaction à voir notre travail sortir ainsi un jour de nos laboratoires, indique Dominique Lavenier. Cet aspect transfert de technologie constitue d'ailleurs l'une des missions dévolues à Inria.” Le scientifique note au passage qu'il s'avère “plus facile de collaborer avec une entreprise de petite taille qu'avec un grand groupe où les services R&D doivent s'acclimater de changements de stratégie plus fréquents. Avec une PME, on peut élaborer ensemble des projets sur le long terme.

Peloton de tête

Korilog, elle, s'apprête à écrire un nouvel épisode de son histoire. “Notre logiciel atteint une maturité qui nous permet d'entrer dans la phase commerciale, explique Patrick Durand. Nous préparons une levée de fonds pour accompagner cette étape. Dans ce cadre-là, le fait d'avoir Inria à nos côtés comme partenaire pour l'innovation constitue un plus indéniable. C'est un gage de crédibilité. Quant à la technologie, elle nous place tout simplement dans le peloton de tête international des fournisseurs de technologies de génomique haute performance.

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Notes :
(1) Une équipe Inria/Insa Rennes/Université Rennes 1/ENS Cachan/ CNRS, commune à l'Irisa (UMR6074).
(2) Grappes de serveurs informatiques.